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    張老師

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    染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)

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    染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術(shù)
    產(chǎn)品介紹

    染色質(zhì)免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),

    是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術(shù),

    是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典手段;

    通過(guò)將測序獲得的數百萬(wàn)條序列標簽精確定位到基因組上,

    從而獲得全基因組范圍內與組蛋白修飾、轉錄因子等互作的DNA區段信息。

    用心服務(wù)每一個(gè)項目

    較早開(kāi)發(fā)動(dòng)植物ChIP技術(shù)團隊之一,

    已完成人、小鼠等多種物種進(jìn)行染色質(zhì)免疫共沉淀測序分析,

    助力客戶(hù)在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發(fā)表多篇論文。

    科學(xué)方案設計

    從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

    每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。

    樣本類(lèi)型和要求

    樣本類(lèi)型

    樣本要求

    ChIP富集DNA

    總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范圍在100-750bp;

    細胞沉淀

    組蛋白修飾1x10*7細胞;轉錄因子5x10*7細胞

    動(dòng)植物組織

    按照送樣要求準備

    備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

    信息分析

    ChIP-Seq

    分析內容

    備注

    標準化分析

    1、測序數據質(zhì)量評估

    去除低質(zhì)量數據及接頭序列

    2、與參考基因組比對

    測序reads 在基因組上的分布

    3、Peak峰Calling

    尋找組蛋白修飾或者轉錄因子結合位點(diǎn)

    4、Motif分析

    尋找修飾或者結合序列的偏好性

    5、Peak圖譜分析

    Peak 在基因組,染色體,功能元件上的分布

    6、Peak相關(guān)基因注釋

    尋找修飾或者轉錄因子結合基因

    7、組間差異Peak分析

    尋找差異修飾或者轉錄因子結合區域

    8、差異Peak基因分析

    相關(guān)基因GO,KEGG富集分析

    高級分析

    9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析

    例如,與轉錄組等數據關(guān)聯(lián)分析

    10、其它定制化分析

    結合課題背景亮點(diǎn)挖掘


    染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)

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    染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術(shù)
    0755-28507994
    產(chǎn)品介紹

    染色質(zhì)免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),

    是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術(shù),

    是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典手段;

    通過(guò)將測序獲得的數百萬(wàn)條序列標簽精確定位到基因組上,

    從而獲得全基因組范圍內與組蛋白修飾、轉錄因子等互作的DNA區段信息。

    用心服務(wù)每一個(gè)項目

    較早開(kāi)發(fā)動(dòng)植物ChIP技術(shù)團隊之一,

    已完成人、小鼠等多種物種進(jìn)行染色質(zhì)免疫共沉淀測序分析,

    助力客戶(hù)在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發(fā)表多篇論文。

    科學(xué)方案設計

    從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

    每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。

    樣本類(lèi)型和要求

    樣本類(lèi)型

    樣本要求

    ChIP富集DNA

    總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范圍在100-750bp;

    細胞沉淀

    組蛋白修飾1x10*7細胞;轉錄因子5x10*7細胞

    動(dòng)植物組織

    按照送樣要求準備

    備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

    信息分析

    ChIP-Seq

    分析內容

    備注

    標準化分析

    1、測序數據質(zhì)量評估

    去除低質(zhì)量數據及接頭序列

    2、與參考基因組比對

    測序reads 在基因組上的分布

    3、Peak峰Calling

    尋找組蛋白修飾或者轉錄因子結合位點(diǎn)

    4、Motif分析

    尋找修飾或者結合序列的偏好性

    5、Peak圖譜分析

    Peak 在基因組,染色體,功能元件上的分布

    6、Peak相關(guān)基因注釋

    尋找修飾或者轉錄因子結合基因

    7、組間差異Peak分析

    尋找差異修飾或者轉錄因子結合區域

    8、差異Peak基因分析

    相關(guān)基因GO,KEGG富集分析

    高級分析

    9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析

    例如,與轉錄組等數據關(guān)聯(lián)分析

    10、其它定制化分析

    結合課題背景亮點(diǎn)挖掘


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