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染色質(zhì)免疫共沉淀測序(ChIP-seq)是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術(shù)產(chǎn)品介紹染色質(zhì)免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq)，
是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術(shù)，
是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典手段;
通過(guò)將測序獲得的數百萬(wàn)條序列標簽精確定位到基因組上，
從而獲得全基因組范圍內與組蛋白修飾、轉錄因子等互作的DNA區段信息。
用心服務(wù)每一個(gè)項目
較早開(kāi)發(fā)動(dòng)植物ChIP技術(shù)團隊之一，
已完成人、小鼠等多種物種進(jìn)行染色質(zhì)免疫共沉淀測序分析，
助力客戶(hù)在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發(fā)表多篇論文。
科學(xué)方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序，到數據分析;
每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通，以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型
樣本要求
ChIP富集DNA
總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量；主峰范圍在100-750bp;
細胞沉淀
組蛋白修飾1x10*7細胞；轉錄因子5x10*7細胞
動(dòng)植物組織
按照送樣要求準備
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸
信息分析
ChIP-Seq
分析內容
備注
標準化分析
1、測序數據質(zhì)量評估
去除低質(zhì)量數據及接頭序列
2、與參考基因組比對
測序reads 在基因組上的分布
3、Peak峰Calling
尋找組蛋白修飾或者轉錄因子結合位點(diǎn)
4、Motif分析
尋找修飾或者結合序列的偏好性
5、Peak圖譜分析
Peak 在基因組，染色體，功能元件上的分布
6、Peak相關(guān)基因注釋
尋找修飾或者轉錄因子結合基因
7、組間差異Peak分析
尋找差異修飾或者轉錄因子結合區域
8、差異Peak基因分析
相關(guān)基因GO，KEGG富集分析
高級分析
9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析
例如,與轉錄組等數據關(guān)聯(lián)分析
10、其它定制化分析
結合課題背景亮點(diǎn)挖掘
產(chǎn)品介紹染色質(zhì)免疫共沉淀測序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq)，
是將染色質(zhì)免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術(shù)，
是研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典手段;
通過(guò)將測序獲得的數百萬(wàn)條序列標簽精確定位到基因組上，
從而獲得全基因組范圍內與組蛋白修飾、轉錄因子等互作的DNA區段信息。
用心服務(wù)每一個(gè)項目
較早開(kāi)發(fā)動(dòng)植物ChIP技術(shù)團隊之一，
已完成人、小鼠等多種物種進(jìn)行染色質(zhì)免疫共沉淀測序分析，
助力客戶(hù)在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發(fā)表多篇論文。
科學(xué)方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序，到數據分析;
每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通，以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型
樣本要求
ChIP富集DNA
總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量；主峰范圍在100-750bp;
細胞沉淀
組蛋白修飾1x10*7細胞；轉錄因子5x10*7細胞
動(dòng)植物組織
按照送樣要求準備
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸
信息分析
ChIP-Seq
分析內容
備注
標準化分析
1、測序數據質(zhì)量評估
去除低質(zhì)量數據及接頭序列
2、與參考基因組比對
測序reads 在基因組上的分布
3、Peak峰Calling
尋找組蛋白修飾或者轉錄因子結合位點(diǎn)
4、Motif分析
尋找修飾或者結合序列的偏好性
5、Peak圖譜分析
Peak 在基因組，染色體，功能元件上的分布
6、Peak相關(guān)基因注釋
尋找修飾或者轉錄因子結合基因
7、組間差異Peak分析
尋找差異修飾或者轉錄因子結合區域
8、差異Peak基因分析
相關(guān)基因GO，KEGG富集分析
高級分析
9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析
例如,與轉錄組等數據關(guān)聯(lián)分析
10、其它定制化分析
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