16S

背景介紹

16S rRNA是原核生物的核糖體中30S亞基的組成部分，長(cháng)度約為1542nt，具有高度的保守性和特異性。16S rRNA基因是細菌上編碼rRNA相對應的DNA序列，存在于所有細菌的基因組中。16S rRNA基因包括保守區和可變區，保守區反映了物種間的親緣關(guān)系，而可變區則反映了物種間的差異。這兩個(gè)區域呈交替排列，保守區可用于設計通用引物進(jìn)行目的片段的擴增，通過(guò)對高變區的分析可以辨別細菌種類(lèi)。原核16S rRNA序列包含10個(gè)保守區和9個(gè)高變區。不同的高變區會(huì )對原核微生物群落結構的分析結果產(chǎn)生明顯的影響。

技術(shù)特點(diǎn)

1.鑒定到“種”：菌群多樣性鑒定率先精細到“種”，分類(lèi)更明確；

2.數據庫豐富：可鑒定 4414 個(gè)種，覆蓋 2106 個(gè)屬，可鑒定菌種持續更新中；

3.優(yōu)選可變區擴增測序，測定序列更長(cháng)，菌落鑒定更準確；

4.低成本：相比于傳統菌落鑒定，分析通量更高，檢測成本更低

技術(shù)流程

樣本類(lèi)型

1.菌體，環(huán)境樣本，DNA 等；

2.建議總 DNA 起始量：>20ng(無(wú)宿主及其它雜質(zhì)污染)

分析流程和結果

1.測序數據質(zhì)控；

2.OTU 聚類(lèi)分析；

3.Alpha 多樣性分析；

4.Beta 多樣性分析；

5.物種分析；

6.顯著(zhù)性差異分析。