背景介紹
16S rRNA是原核生物的核糖體中30S亞基的組成部分,長(cháng)度約為1542nt,具有高度的保守性和特異性。16S rRNA基因是細菌上編碼rRNA相對應的DNA序列,存在于所有細菌的基因組中。16S rRNA基因包括保守區和可變區,保守區反映了物種間的親緣關(guān)系,而可變區則反映了物種間的差異。這兩個(gè)區域呈交替排列,保守區可用于設計通用引物進(jìn)行目的片段的擴增,通過(guò)對高變區的分析可以辨別細菌種類(lèi)。原核16S rRNA序列包含10個(gè)保守區和9個(gè)高變區。不同的高變區會(huì )對原核微生物群落結構的分析結果產(chǎn)生明顯的影響。
技術(shù)特點(diǎn)
1.鑒定到“種”:菌群多樣性鑒定率先精細到“種”,分類(lèi)更明確;
2.數據庫豐富:可鑒定 4414 個(gè)種,覆蓋 2106 個(gè)屬,可鑒定菌種持續更新中;
3.優(yōu)選可變區擴增測序,測定序列更長(cháng),菌落鑒定更準確;
4.低成本:相比于傳統菌落鑒定,分析通量更高,檢測成本更低
技術(shù)流程
樣本類(lèi)型
1.菌體,環(huán)境樣本,DNA 等;
2.建議總 DNA 起始量:>20ng(無(wú)宿主及其它雜質(zhì)污染)
分析流程和結果
1.測序數據質(zhì)控;
2.OTU 聚類(lèi)分析;
3.Alpha 多樣性分析;
4.Beta 多樣性分析;
5.物種分析;
6.顯著(zhù)性差異分析。
背景介紹
16S rRNA是原核生物的核糖體中30S亞基的組成部分,長(cháng)度約為1542nt,具有高度的保守性和特異性。16S rRNA基因是細菌上編碼rRNA相對應的DNA序列,存在于所有細菌的基因組中。16S rRNA基因包括保守區和可變區,保守區反映了物種間的親緣關(guān)系,而可變區則反映了物種間的差異。這兩個(gè)區域呈交替排列,保守區可用于設計通用引物進(jìn)行目的片段的擴增,通過(guò)對高變區的分析可以辨別細菌種類(lèi)。原核16S rRNA序列包含10個(gè)保守區和9個(gè)高變區。不同的高變區會(huì )對原核微生物群落結構的分析結果產(chǎn)生明顯的影響。
技術(shù)特點(diǎn)
1.鑒定到“種”:菌群多樣性鑒定率先精細到“種”,分類(lèi)更明確;
2.數據庫豐富:可鑒定 4414 個(gè)種,覆蓋 2106 個(gè)屬,可鑒定菌種持續更新中;
3.優(yōu)選可變區擴增測序,測定序列更長(cháng),菌落鑒定更準確;
4.低成本:相比于傳統菌落鑒定,分析通量更高,檢測成本更低
技術(shù)流程
樣本類(lèi)型
1.菌體,環(huán)境樣本,DNA 等;
2.建議總 DNA 起始量:>20ng(無(wú)宿主及其它雜質(zhì)污染)
分析流程和結果
1.測序數據質(zhì)控;
2.OTU 聚類(lèi)分析;
3.Alpha 多樣性分析;
4.Beta 多樣性分析;
5.物種分析;
6.顯著(zhù)性差異分析。
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