Illumina甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip(簡(jiǎn)稱(chēng)850K甲基化芯片),
在原450K芯片的基礎上,推出了新一代的DNA甲基化芯片;
包含了原450K芯片91%的位點(diǎn),又增加了413,745個(gè)位點(diǎn)(總共853,307個(gè)CpG位點(diǎn));
850K芯片覆蓋基因啟動(dòng)子區、基因編碼區、CpG島以及增強子區;
普遍用于復雜疾病甲基化研究,以及大樣本EWAS研究的。
850K芯片技術(shù)參數
針對人基因組,檢測853,307個(gè)CpG位點(diǎn),覆蓋CpG島、啟動(dòng)子、編碼區、開(kāi)放染色質(zhì)和增強子;
同時(shí)采用Infinium I及II探針設計,使檢測范圍更大化;
單堿基分辨率,可以直接檢測到發(fā)生甲基化的確切位點(diǎn);
重復性較高,技術(shù)重復相關(guān)性以及與450K相同探針間的相關(guān)性R2 > 0.98;
起始模板量低,只需 250ng;適用于FFPE樣本。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型 | 樣本要求 |
人基因組DNA | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
850K芯片 | 分析內容 |
標準分析 | 1.原始數據預處理 |
2.數據歸一化(甲基化位點(diǎn)總表,含注釋信息) | |
3.QC結果(beta值密度曲線(xiàn),聚類(lèi)圖,PCA圖,相關(guān)性圖) | |
4.差異甲基化位點(diǎn)(含注釋信息) | |
5.差異甲基化位點(diǎn)的染色體分布 | |
6.差異甲基化位點(diǎn)的基因功能注釋與富集 | |
7.差異甲基化位點(diǎn)的熱圖展示 | |
高級分析 | 8、特定基因組區段的DMR展示 |
9、甲基化與轉錄的關(guān)聯(lián)分析 | |
10、其它定制化分析 |
Illumina甲基化芯片Infinium MethylationEPIC BeadChip(簡(jiǎn)稱(chēng)850K甲基化芯片),
在原450K芯片的基礎上,推出了新一代的DNA甲基化芯片;
包含了原450K芯片91%的位點(diǎn),又增加了413,745個(gè)位點(diǎn)(總共853,307個(gè)CpG位點(diǎn));
850K芯片覆蓋基因啟動(dòng)子區、基因編碼區、CpG島以及增強子區;
普遍用于復雜疾病甲基化研究,以及大樣本EWAS研究的。
850K芯片技術(shù)參數
針對人基因組,檢測853,307個(gè)CpG位點(diǎn),覆蓋CpG島、啟動(dòng)子、編碼區、開(kāi)放染色質(zhì)和增強子;
同時(shí)采用Infinium I及II探針設計,使檢測范圍更大化;
單堿基分辨率,可以直接檢測到發(fā)生甲基化的確切位點(diǎn);
重復性較高,技術(shù)重復相關(guān)性以及與450K相同探針間的相關(guān)性R2 > 0.98;
起始模板量低,只需 250ng;適用于FFPE樣本。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型 | 樣本要求 |
人基因組DNA | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
850K芯片 | 分析內容 |
標準分析 | 1.原始數據預處理 |
2.數據歸一化(甲基化位點(diǎn)總表,含注釋信息) | |
3.QC結果(beta值密度曲線(xiàn),聚類(lèi)圖,PCA圖,相關(guān)性圖) | |
4.差異甲基化位點(diǎn)(含注釋信息) | |
5.差異甲基化位點(diǎn)的染色體分布 | |
6.差異甲基化位點(diǎn)的基因功能注釋與富集 | |
7.差異甲基化位點(diǎn)的熱圖展示 | |
高級分析 | 8、特定基因組區段的DMR展示 |
9、甲基化與轉錄的關(guān)聯(lián)分析 | |
10、其它定制化分析 |
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