RNA結合蛋白免疫共沉淀測序(RIP-seq)

—全轉錄組范圍揭示RNA與蛋白互作技術(shù)

RNA結合蛋白（RNA binding protiens）結合RNA調控基因表達，與RNA相互作用是聯(lián)系多組學(xué)的橋梁。從表觀(guān)遺傳到蛋白代謝，RNA蛋白互作的研究是高分文章必不可少的。RIP-seq（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay Sequencing，RNA 結合蛋白免疫沉淀測序）通過(guò)特定抗體把相應的RNA-蛋白復合物富集沉淀下來(lái)，經(jīng)過(guò)分離純化就可以對結合該區域RNA序列進(jìn)行高通量測序，在轉錄組范圍內鑒定與蛋白結合的區域，是了解轉錄后調控網(wǎng)絡(luò )的有力工具。為多組學(xué)助力機制研究，艾斯基因引入RIP-seq這一研究轉錄后動(dòng)態(tài)調控技術(shù)，精確定位RNA與蛋白互作，助力廣大科研工作者發(fā)表高分SCI文章！ 

RIP-seq實(shí)驗原理圖

艾斯優(yōu)勢

項目經(jīng)驗豐富

已經(jīng)完成人、動(dòng)植物等幾十個(gè)物種, 5000+例樣本項目經(jīng)驗

專(zhuān)業(yè)生信分析團隊

針對多組學(xué)測序，艾斯搭建多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析流程，多維度助力科研機制研究

高效自動(dòng)化流程

自動(dòng)化樣本處理、建庫及分析流程，保障高效周期，40天極速交付

高水平文章經(jīng)驗

團隊已經(jīng)發(fā)表Genome Biol、Nat Commun、Cell Res等高水平SCI文章

樣本類(lèi)型和送樣要求

備注：詳細送樣要求參考 RIP-seq送樣要求2024

數據信息分析

在研究中大多數技術(shù)都不是單一使用，RIP-seq也不例外，它會(huì )搭配其他組學(xué)一起對研究的深度和廣度進(jìn)行擴充。RIP-seq可以與多種技術(shù)聯(lián)合分析，RNA-seq、m6A-seq等。

案例分析1:m6A識別蛋白YTHDF1在低氧適應和非小細胞肺癌發(fā)生發(fā)展中的重要功能

YTHDF1 links hypoxia adaptation and non-small cell lung cancer progression. Nat Commun 10, 4892 (2019)..

研究?jì)热荩?/strong>研究發(fā)現YTHDF1作為m6A修飾后的RNA結合蛋白家族成員之一，在高原家養哺乳動(dòng)物中低表達，而在正常肺上皮細胞中抑制其表達可以抵抗低氧誘導的細胞凋亡。深入研究發(fā)現，YTHDF1在非小細胞肺癌腫瘤組織和細胞系中均高表達，其在常氧條件下通過(guò)加速CDK2和CDK4等細胞周期蛋白的表達來(lái)促進(jìn)腫瘤細胞的增殖；而在鉑類(lèi)藥物為主的化療壓力環(huán)境下，由于YTHDF1高表達促進(jìn)了Keap1蛋白的表達，導致Nrf2轉錄因子的迅速降解和下游耐藥基因AKR1C1的沉默，因此腫瘤患者對化療更敏感且總生存時(shí)間更長(cháng)

研究技術(shù)：RIP-seq、m6A-seq、RNA-seq

研究總結：聯(lián)合運用了RIP-seq和m6A-seq，鑒定出細胞周期因子CDK2和CDK4的m6A修飾發(fā)生了變化，且被YTHDF1所識別和結合。CDK2和CDK4表達的紊亂也導致細胞周期的紊亂，使得癌細胞增殖加速

圖1 m6A-seq和 RIP-seq揭示YTHDF1調控模型

圖2 IGV圖展示CDK2和CDK4的RNA結合蛋白富集差異和m6A修飾差異

案例內容

結果內容

建議內容